Comme les savants de son époque, Gassendi s'est intéressé à la théorie de la musique: on sait que cet art faisait partie, depuis l'Antiquité, du quadrivium, l'ensemble des disciplines "mathématiques", c'est-à-dire l'arithmétique, la géométrie, l'astronomie et la musique. Gassendi n'a pas non plus négligé la physique et la physiologie du son. L'Initiation à la théorie de la musique (Manuductio ad theoriam, sev partem speculativam musicae) de Gassendi a été publiée l'année de sa mort, c'est-à-dire 1655. Outre un bref chapitre préliminaire dans lequel le prévôt de Digne explique que le chant harmonieux, les consonances sont liés aux proportions entre nombres entiers, le traité contient quatre chapitres: le premier sur les proportions mathématiques, le second sur les consonances, le troisième sur les genres musicaux (diatonique, chromatique, enharmonique), le dernier sur la redoutable question des modes.